Powstanie naszej placówki sięga końca lat pięćdziesiątych. Szkoła powstała, aby wypełnić lukę w kształceniu osób niepełnosprawnych. Do tej pory, dzieci i młodzież z niepełnosprawnością intelektualną najczęściej kształciła się w szkołach ogólnodostępnych, gdzie pedagodzy nie byli przygotowani do pracy z dziećmi specjalnej troski. Zaistniała więc pilna potrzeba utworzenia klas specjalnych, w których uczniowie znaleźliby fachową pomoc i opiekę dostosowaną do ich możliwości intelektualnych.
W grudniu decyzją władz oświatowych zostaje utworzona klasa specjalna w Szkole Podstawowej nr 3, a jej wychowawstwo objęła pani Stefania Jakubowicz. W roku szkolnym 1959/60 do szkoły uczęszczało trzydziestu uczniów. Zajęcia prowadzone były metodą ośrodków pracy. Z czasem liczba oddziałów klasowych wzrosła do czterech i pani Jakubowicz starała się o pozyskanie fachowej kadry. W 1964 roku klasy specjalne, ze względów lokalowych, zostały przeniesione do Szkoły Podstawowej nr 1 przy ul. Nowotki (obecnie Dmowskiego).
Dzień 1 września 1967 roku to data otwierająca nowy rozdział w historii kształcenia specjalnego w naszym mieście. Klasy specjalne otrzymały status samodzielnej placówki oświatowej, tj. szkoły specjalnej z własnym kierownictwem, którą umieszczono w nowo oddanej Szkole Podstawowej nr 6 (zajmowała tam pierwsze piętro i korzystała z pracowni, boiska i sali gimnastycznej). Pierwszą kierowniczką szkoły specjalnej była pani Janina Płoszaj – Skraba.
W roku szkolnym 1970/1971 placówka otrzymała oficjalną nazwę: Szkoła Podstawowa nr 8 – Specjalna w Stalowej Woli. W styczniu 1974 kierownictwo „ósemki” objął pan Henryk Gajewski, który kierował placówką osiemnaście lat. Przez ten czas następował rozwój szkoły i poprawiały się warunki pracy. Rozpoczęto też starania o własny budynek szkolny. We wrześniu 1984 roku placówka znalazła swoje miejsce przy obecnej ulicy Okulickiego. Z czasem trzeba było zorganizować naukę na dwie zmiany, gdyż pod koniec lat 80 -tych liczba uczniów sięgnęła 150. Utworzono również filię placówki (1988/1989), w której zorganizowano klasy życia dla dzieci z umiarkowanym i znacznym stopniem niepełnosprawności intelektualnej, grupy przedszkolne i grupy rewalidacyjno – wychowawcze. Filia mieściła się w Ośrodku Rehabilitacji dla Dzieci Niepełnosprawnych w Domu Dziecka przy ulicy Podleśnej.
1 września 1991 roku szkoła zostaje przeniesiona do budynku otrzymanego na własność od HSW i władz miejskich. Obiekt znajdujący się przy ulicy Hutniczej 14 adaptowano i przystosowywano do potrzeb niepełnosprawnych dzieci. 1 września 1992 dyrektorem została pani Lidia Kasprzyk. Ze względu na wzrastającą liczbę oddziałów w szkole i w Dziennym Ośrodku Rehabilitacyjnym oraz konieczność sprawowania szerszego nadzoru pedagogicznego powołano wicedyrektora szkoły: została nim pani Czesława Irsmanbet. Szkoła w okresie kadencji dyrektor Lidii Kasprzyk przebyła drogę od szkoły podstawowej do powołanego 1 września 1995 Zespołu Szkół Specjalnych. Obie dyrektorki widziały potrzebę dalszego kształcenia absolwentów szkoły podstawowej w naszej placówce. Z dniem 1 września 1994 roku powołano Zasadniczą Szkołę Zawodową Specjalną o kierunkach: kucharz i ślusarz. Dalszy rozwój szkolnictwa zawodowego to powołanie w roku szkolnym 1995/1996 Specjalnej Szkoły Przysposabiającej do Pracy o dwuletnim cyklu nauczania. Po reformie oświaty, która miała miejsce w 1999 roku nasza szkoła przeszła reorganizację. Poszczególne oddziały szkoły otrzymały nazwy: Publiczna Szkoła Podstawowa Specjalna, Publiczne Gimnazjum Specjalne.
W styczniu 2002 roku dyrektor Lidia Kasprzyk podjęła decyzję o powołaniu Zasadniczej Szkoły Zawodowej Specjalnej o kierunkach: posadzkarz i kucharz (dla uczniów z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu lekkim). W ramach Szkoły Zawodowej funkcjonowały również klasy przysposabiające do pracy dla uczniów z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu umiarkowanym.
Od roku szkolnego 2002/2003 dyrektorem Zespołu Szkół Specjalnych był pan Marek Zaleśny. Pełnił tę funkcję do roku szkolnego 2006/2007. Wicedyrektorem został wówczas pan Janusz Antosiewicz. Zgodnie z zarządzeniem MEN-u w 2004 roku przestają funkcjonować klasy przysposabiające do pracy w Zasadniczej Szkole Zawodowej. W związku z tym w strukturze Zespołu Szkół Specjalnych w Stalowej Woli powstaje czwarta szkoła – Szkoła Specjalna Przysposabiająca do Pracy. Placówka otrzymuje nazwę Zespół Szkół Nr 6 Specjalnych. W czasie kadencji dyrektora Zaleśnego wzrasta liczba oddziałów – utworzone zostają klasy dla dzieci z autyzmem, powstaje oddział KTA, Punkt Konsultacyjny dla dzieci i młodzieży z autyzmem, powstaje Stowarzyszenie Na Rzecz Osób Szczególnej Troski „Nadzieja”, a przy nim Warsztat Terapii Zajęciowej, w którym przebiega dalsza rewalidacja absolwentów.
W roku szkolnym 2007/2008 dyrektorem Zespołu Szkół Nr 6 Specjalnych zostaje pani Barbara Nabrzeska, a wicedyrektorem pan Krzysztof Chrustowski, a 1 września 2010 roku funkcję wicedyrektora obejmuje pani Elżbieta Partyka. W czerwcu 2010 obchodziliśmy Jubileusz 50 – lecia szkolnictwa specjalnego w Stalowej Woli połączony z nadaniem imienia ks. Jana Twardowskiego poszczególnym typom szkół wchodzących w skład Zespołu Szkół Nr 6 Specjalnych. We wrześniu 2010 r. utworzono pierwsze oddziały przedszkolne dla dzieci z autyzmem a dla najmłodszych dzieci zaczęto prowadzić wczesne wspomaganie rozwoju.
We wrześniu 2012 roku przenieśliśmy się do gruntownie wyremontowanego, zmodernizowanego i przystosowanego budynku przy al. Jana Pawła II 21. Szkoła wychodząc naprzeciw potrzebom uczniów i ich rodziców uczestniczy w różnych projektach i stara się o pozyskiwanie funduszy na efektywną działalność i rozwój. Od kilku lat jest również współorganizatorem memoriału św. Jana Pawła II, wielu imprez sportowych, rekreacyjnych, kulturalnych. Kadra pedagogiczna pracująca w Zespole Szkół Nr 6 Specjalnych stale podnosi swoje kwalifikacje uczestnicząc w różnorodnych formach szkoleń, by skutecznie zapewniać fachową opiekę, rewalidację, wychowanie i kształcenie swoich uczniów. Szkoła jako placówka specjalna podlega pedagogicznie pod kuratorium oświaty, a organem prowadzącym jest powiat stalowowolski. Troską wszystkich dyrektorów było i jest zapewnienie naszym uczniom pełnej rewalidacji, fachowej opieki, wykształcenia i wychowania.